La configurazione del sistema è pesantemente basata su un sistema di moduli di pyton. I file di configurazione sono standard script di &pyb; (cioè funzioni e classi extra scritti in python che fanno uso di &pyb; ), la cui caratteristica speciale è di essere automaticamente analizzati all'avvio o quando ce n'è bisogno. Il primo file a essere analizzato è ${prefix}/share/pybliographer/pybrc.py. Serve come bootstrap per il meccanismo generale di configurazione e definisce: i formati di input e output disponibili dove trovare le directory di configurazione. Una directory di configurazione tiene una lista di file che sono analizzati quando ce n'è bisogno. Per esempio, se un metodo richiede dati di configurazione per il modulo di bibtex, sarà importato il file corrispondente in questa directory. Questo meccanismo permette più flessibilità per aggiungere nuovi formati: il nuovo formato può essere installato con una configurazione predefinita senza fare confusione con il file di configurazione globale. In aggiunta, il programma importa solo quello di cui ha bisogno, diminuendo il tempo di avvio. In fine, se l'utente fornisce un file chiamato .pybrc.py nella sua home directory, allora questo file è analizzato. Naturalmente si può anche definire una directory di configurazione privata e sovrascrivere quello che è stato definito prima. Tutti i dati che possono essere configurati dovrebbero essere maneggiati dal modulo chiamato Config. Esso fornisce un'interfaccia standard per impostare e ottenere la configurazione degli oggetti.